Το σύστημα εκπαίδευσης σε όλες τις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού της Ελλάδας είναι αυτό της εναλλασσόμενης εκπαίδευσης, το οποίο εφαρμόζεται από το 1989.

Οι σπουδαστές μεταξύ του 2ου και 3 ου εξαμήνου και μετά το 6 ο εξάμηνο, ταξιδεύουν με εμπορικά πλοία 5-6 και 6-7 μήνες, αντίστοιχα, όπου ως εργαζόμενοι και αμειβόμενοι εφαρμόζουν στην πράξη όσα θεωρητικά έμαθαν στη Σχολή. Η διάρκεια της φοίτησης είναι τέσσερα έτη (συμπεριλαμβανομένων των δύο εκπαιδευτικών ταξιδιών σε πλοία) και οι σπουδαστές αποφοιτώντας και κατόπιν συγκεκριμένων μετεκπαιδεύσεων, λαμβάνουν το δίπλωμα Πλοιάρχου Γ΄ τάξεως.

Οι σπουδαστές της Ακαδημίας Εμπορικού Ναυτικού Ύδρας, εκτός της προαναφερόμενης υποχρεωτικής εκπαίδευσης, έχουν την εξαιρετική τύχη να λαμβάνουν δωρεάν σεμινάρια, κατά τη διάρκεια κάθε εκπαιδευτικής χρονιάς, τόσο από έμπειρους πλοιάρχους μέλη της Λέσχης Αποφοίτων της Σχολής Ναυτιλίας Ύδρας, όσο και από φορείς – επιχειρήσεις της Εμπορικής μας Ναυτιλίας.

Αποκλειστικός σκοπός των σεμιναρίων αυτών είναι η πληρέστερη και εξειδικευμένη λήψη γνώσεων, ώστε να μπορέσουν να ανταπεξέλθουν άριστα, στις αυξημένες απαιτήσεις που απορρέουν από την άσκηση των καθηκόντων του Πλοιάρχου Γ’ τάξης του Εμπορικού Ναυτικού.

Τα σεμινάρια αυτά διεξάγονται στην υπερσύγχρονη αίθουσα ‘’ Αθανάσιος & Γκίκας ΚΟΥΛΟΥΡΑΣ’’ της Ακαδημίας Εμπορικού Ναυτικού Ύδρας, η οποία ανακαινίστηκε πλήρως ,με δαπάνη του Ναυτικού Επιμελητηρίου Ελλάδος το 2018.